Uma das principais questões envolvidas na gestão de um Parque Nacional é a sua Consolidação Territorial pois, por lei, toda sua área deve ser de domínio público, não sendo permitida, a longo prazo, a existência de terras particulares. Este processo abrange duas ações distintas, coordenadas por um setor específico do ICMBio com o envolvimento da administração do Parque: a regularização da situação fundiária e a consolidação dos limites.
A indenização dos proprietários e posseiros faz parte da regularização fundiária, que compreende a identificação e transferência de domínio para o ICMBio, de todos os imóveis inseridos no Parque. Este processo é longo pois é feito individualmente para cada ocupante e depende da apresentação de uma série de documentos e da realização de vistorias para avaliação dos imóveis e benfeitorias. A Consolidação dos Limites envolve a demarcação topográfica e a sinalização do perímetro da Unidade de Conservação (UC).
Na regularização da situação fundiária devem ser consideradas as prioridades de cada UC no que diz respeito às fragilidades e ameaças ao ambiente que possam impedi-la de atingir seus objetivos. No caso do PNSHL, a região crítica em termos de ocupação está
localizada entre a região do Cabaraquara (Guaratuba) e em Matinhos, onde o Parque faz limite com a zona urbana. Além de inseridas na UC, algumas moradias foram construídas em áreas de risco e, portanto, sua remoção é prioritária. Assim, desde 2005, a administração do Parque vem trabalhando na busca da melhor solução para realocar as famílias que se encontram nesta situação, em um esforço conjunto com os Ministérios Públicos Federal e Estadual. Com a finalização dos estudos técnicos e a realização das consultas públicas, necessários para adequação dos limites do PNSHL, tornou-se possível planejar as ações de regularização fundiária e dar início aos processos administrativos para remoção destas famílias. Para conhecer a realidade local e orientar a equipe do PNSHL sobre os detalhes dos procedimentos, a Coordenadora Geral de Regularização Fundiária substituta do ICMBio, Bruna De Vita Silva Santos, esteve em Matinhos entre os dias 07 e 09 de junho.
Serão atendidos, inicialmente, os moradores que se encontram em áreas de posse, dentro do PNSHL, nas regiões do Cabaraquara e Tabuleiro e cabe esclarecer que somente as ocupações existentes antes da criação do Parque têm direito à indenização. Espera-se ainda que seja possível incluir estas famílias em um processo de ordenamento do bairro da Vila Nova, que está sendo conduzido pela Prefeitura de Matinhos em conjunto com a empresa Terra Nova, por demanda do Ministério Público Estadual. Desta forma busca-se a melhoria da qualidade de vida das famílias e a conservação ambiental. Após a desocupação será imediatamente implantado um projeto de recuperação das áres degradadas.